SiR 与 SiR700 探针的双色成像应用：
SiR700 是硅罗丹明（SiR）家族成员之一。作为 SiR 的类似物，其吸收和发射光谱红移约 50 nm。这种光谱特性的改变使得 SiR700 探针可与 SiR 系列探针联用，实现活细胞的双色成像。与 SiR 探针类似，基于 SiR700 的探针具有细胞膜通透性、远红光特性和荧光增强特性。目前可提供针对肌动蛋白、微管、DNA 和溶酶体的 SiR700 标记探针。
SiR 和 SiR700 的发射光谱可被有效区分，并能使用同一激光线激发。采用以下推荐显微镜设置即可获得活细胞的双色图像。共聚焦显微镜（Confocal）、结构照明显微镜（SIM）和受激发射损耗显微镜（STED）均适用于 SiR 与 SiR700 探针的活细胞双色成像。
双色成像操作建议：
- 由于 SiR700 探针的亮度低于对应 SiR 探针，建议选择信号最强的结构作为 SiR700 标记版本。我们的探针信号强度排序如下：DNA > 肌动蛋白 > 微管蛋白 > 溶酶体。例如，若需同时成像DNA和微管，请选择 SiR700-DNA 与 SiR-微管蛋白组合。此方案也能最大限度减少 SiR 荧光向SiR700 通道的串扰。
- SiR 向 SiR700 通道的荧光串扰程度取决于显微镜光学系统和参数设置。由于 SiR 与 SiR700 的发射光谱存在重叠，完全避免串扰不可行。但通过以下简单后处理步骤可获得理想效果：对SiR700 通道图像进行背景扣除处理，即用 SiR700 通道原始图像减去 SiR 通道图像乘以特定系数：
校正后的 SiR700 通道图像 = SiR700 通道原始图像 – f × SiR 通道图像
系数 “f” 通常取值 0.1 至 0.4 之间。该处理可通过 ImageJ 或 FIJI 软件（如使用 image blend 插件）轻松完成。
Example of bleed through removal by image subtraction one cells stained with SiR-lysosome and SiR700-tubulin. Scale bar 10 um.
双色成像应用示例：
Normalized absorbance (solid lines) and emission (dashed lines) spectra of SiR (blue) and SiR700 (red). The excitation line (pink vertical line), SiR emission channel (blue rectangle) and SiR700 emission channel (pink rectangle) are indicated on the plot
Left: Confocal three color microscopy of human primary fibroblast stained with SiR-Lysosome (red), SiR700-tubulin (red) and Hoechst. Center: SIM nanoscopy of cells stained with SiR-tubulin (green) and SiR700-actin (red). Right: Two colour STED nanoscopy of cells stained with SiR-tubulin (green) and SiR700-lysosome (red). Scale bar 5 μm